Mondeling theorievragen:

1. Uitleggen van afbeelding dotplot: wat is het en waarvoor wordt het gebruikt?
2. Waarom heb je een target nodig voor drug design en kan je niet gewoon componenten op een muis testen tot je iets goed vindt?
3. Wat is Chou-Fasman?
4. Wat is een hydrophobicity plot?
5. Verschil tussen Needleman-Wunsch en Smith-Waterman?

Mondeling:

Versie 1:

1. Wat is het verschil tussen PAM en BLOSUM? Waarvoor staat PAM? Welke zou je gebruiken en waarom? (Van zowel hoge als lage BLOSUM of PAM).
2. Geef de verschillen tussen BLAST en FASTA (bij BLAST ook translated nucleotide). Waarom is een translated nucleotide databank nodig?
3. Leg figuur T 6 part 1 slide 45 uit (multiple sequence alignment).
4. Leg figuur T 6 part 2 slide 12 uit (Jukes-Cantor model).
5. Waarvoor wordt Chou-Fasman gebruikt?
6. Wat is PHI-BLAST? Waarvoor wordt dit gebruikt?

Versie 2:

1. Slide 133 les 3: tekent cDNA en gDNA, al 1 exon getekend en jij moet een 2e tekenen.
2. Wat is dynamic programming? Een random getal in score matrix invullen.
3. Local and global alignment (Needleman-Wunsch en Smith-Waterman): weten hoe je de overgang maakt (slide 105 les 4) en wat Needleman-Wunsch en Smith-Waterman is (local of global alignment).
4. Verschil FASTA en BLAST heel kort.
5. Maximum Likelihood, Maximum Parsimony and distance methods.
6. Transmembrane protein en hydrophobicity plot en N-terminus binnen of buiten (Kyte-Doolittle).

Versie 3:

1. Leg PSI-BLAST uit.
2. Teken dotplot (zonder slide) van gDNA t.o.v. cDNA en geef aan waar exons en introns liggen.
3. Waarom phylogenetic trees? Geef de drie manieren om phylogenetic trees te maken? Welke is de beste?

Theorie:

1. Over HMM: wat zijn ze, wat doen ze, waarvoor gebruik je ze?
2. Gene ontology: wat is het en waarvoor gebruik je het? Hoe gebruiken in combinatie met $\chi^2$?
3. Multiple sequence alignment: waarom gebruik je het?
4. Wat is het verschil tussen Smith-Waterman en Needleman-Wunsch?

Practicum: