Versie 1:

1. Explain the difference between bulk and single-cell analysis + provide an illustration.
2. Compare IQ-PCR and conventional PCR: what are the aims and purposes?
3. What is an OTU and an ASV in amplicon Illumina sequencing?
4. What kind of cells can't you detect with culturomics?
5. Rank in terms of resolution: MLST, cgMLST, MALDI-TOF.
6. Is MALDI-TOF qualitative, quantitative, or both?
7. Product A on cell line A has a higher $LD_{50}$ than product B on cell line B. Can you determine which product is the most toxic?
8. What is the input for determining alpha and beta diversity after microarray analysis, and what is it for Illumina sequencing?
9. How do you determine when is the right time to take a sample in SIP (Stable Isotope Probing)? What happens if you take a sample too early, and what if you take one too late?
10. Is chocolate a possible analyte for Raman spectroscopy?
11. What is online flow cytometry?
12. Explain the principles of BONCAT and its two main mechanisms.
13. In metagenomics, why is it not always a good idea to use universal primers? What problems can occur, and what could you do to solve these problems?
14. What is basecalling in MinION sequencing?
15. What is RIN (RNA Integrity Number)?
16. In FISH, you can design probes for various taxonomic classes. Why would you do that in an experiment?
17. Compare the advantages and disadvantages of direct vs. indirect labelling.
18. Case Studies: Behandeling van 2 case studies.

Versie 2:

1. Bulk vs. single-cell analysis.
2. IQ-PCR: principles and applications.
3. OTU vs. ASV.
4. Alpha- vs. beta-diversiteit.
5. When is the right time to analyse your bacteria in a SIP experiment? How long should the incubation last?
6. Online flow cytometry.
7. BONCAT functional groups: which to choose?
8. FISH probes for different taxonomic levels.
9. Direct vs. indirect labelling in in situ PCR.
10. Universal primers: limitations and solutions.
11. Which cells are not detected by culturomics?
12. Rank the resolution of: {MLST, cgMLST, MALDI-TOF}.
13. Thiourea.
14. RIN (RNA Integrity Number).
15. Bad Whole Genome Sequencing (WGS): give two reasons.
16. Basecalling: what is it?
17. Can you analyse chocolate with Raman spectroscopy?
18. MALDI-TOF: qualitative or quantitative?
19. $LD_{50}$ product A vs. product B: which product is more toxic?
20. Case Studies:
    • Case 1a: Search for species that can degrade certain compounds.
    • Case 1b: Analyse enhanced activity.
    • Case 1c: Do certain intermediate metabolites interfere with certain processes/groups?
    • Case 2: You have 28 Staphylococcus aureus isolates with DNA already extracted. Design an experiment to analyse them.
    • Case 3: Probiotic: you want to study if it is toxic for your cells (human cells).

Versie 1:

1. Wat is Probesense / een probe base en waarvoor dient het?
2. Leg de SRB assay uit: wat doet het, hoe meet je het en wat is een alternatief?
3. Zijn de primary en capture antibody in IQ-PCR dezelfde?
4. Hoe kan je de kwaliteit van RNA/DNA nagaan vóór het uitvoeren van PCR of sequencing?
5. Waarom gebruik je gedegenereerde primers en wat zijn het?
6. Case: Je hebt veel te veel Listeria monocytogenes isolaten in je cultuurcollectie. Je wil enkel de unieke stammen overhouden. Hoe bepaal je welke stammen verschillend zijn?

Versie 2:

1. What is the principle of PFGE?
   • Bijvragen:
     • Can the pulse angle be altered?
     • Is the temperature important?
     • Can the temperature be too low? Why?
2. Draw an $LD_{50}$ curve for Bacillus. What does it tell you?
3. Rarefaction: When do you use it?
4. What is a tether?
5. To measure cell viability, do we use RNA-seq or some sort of PCR?
6. Case: Someone is sick. When taking a blood sample, no bacteria could be found after cultivating. Propose a strategy to identify the bacteria and find a treatment plan.

Versie 3:

1. What is the ASCII code on a FASTQ file?
2. Can you multiplex on FCM (Flow Cytometry) and how would you do this?
3. What is a tether in nanopore sequencing?
4. Name 3 methods to separate cells.
5. Is a bio-assay a specific technique?
6. Case: How do you quantify toxin production in different environmental conditions?

Versie 4:

1. Hoe kan je uit een complexe microbiële gemeenschap die niet-opkweekbaar is en geen referentiegenoom heeft, toch de samenstelling achterhalen?

2. Hoe kan je na DNA-extractie (en vóór het uitvoeren van PCR) de kwaliteit en kwantiteit van je DNA achterhalen?

3. Vergelijk bulk analyse en single-cell analyse.
4. Wat kan je na afloop van een FISH-experiment doen om te controleren of je staal geen vals-positieve signalen bevat?

5. Bij welke techniek gebruik je de molecule azidohomoalanine (AHA)?

6. Case: Er zijn 10 verschillende stammen van Bacillus cereus, waarvan niet alle stammen toxine produceren. Je hebt B. cereus geïsoleerd uit voeding. Hoe weet je of dit een risico vormt voor de voedselveiligheid?

Versie 1:

1. MLST: Quantitative or qualitative?

2. ELISA: What does it stand for? Explain the principles.

3. Hi-C: Explain how it helps in detecting antibiotic resistance genes.

4. How can you use culturomics in combination with fingerprinting?

5. Tn-seq: How can you find essential and conditionally essential genes?

6. Case: A new mutation of the coronavirus is found. With qPCR they detected a higher amount of virus inside infected people. People who get infected with this new strain become more sick. How can you determine if the sickness is due to the higher dose of virus or due to the mutation itself?

Versie 2:

1. Wat zijn de voor- en nadelen van Next Generation Sequencing (NGS) tegenover het gebruik van Microarrays?
   • Bijvragen:
     • Welke NGS-technieken kan je gebruiken?
     • Wat gebruik je als je geen info hebt over je sample?
     • Is NGS PCR-based en is dit een voordeel of nadeel tegenover third generation sequencing?

2. Wat is het target van MLST? Hoeveel? Waarom?

3. Wat is het verschil tussen MLST en PFGE?
   • Bijvraag: Als je MLST en PFGE doet op hetzelfde sample, krijg je dan dezelfde resultaten?

4. Aangezien Raman scattering zeer zwak is, hoe kan je dit verhogen?

5. Is flow cytometry targeted of untargeted?
   • Bijvraag: Welke dyes gebruik je en om welke reden?

6. Case study: Je gaat naar Mars en neemt een sample mee. Hoe onderzoek je of er microbieel leven aanwezig is?

Versie 3:

Mondeling examen: 20 minuten voorbereidingstijd, 15 minuten toelichting. Focus vooral op algemene concepten en geen details zoals welk agarmedium je precies gebruikt om een cultuur te maken.

1. Wat zou je na enrichment doen: vPCR of qPCR?
2. Wat is het verschil in gebruik en protocol bij genotyping arrays en expression arrays?
3. Hoe lang duurt PFGE? (Leg uit hoe de techniek werkt.)
4. Als je genoom $5\text{ Mbp}$ is en je doet TGS met coverage $100\times$, en het maximum van je TGS run is $50\text{ Gbp}$, hoeveel genomen kan je dan sequencen?
5. Hoe kan je over- of onderexpressie zien als je RNA-sequenties al gemapt zijn?
6. Case: Als je een plasmide hebt in een bepaalde stam, hoe zie je dan in welke bacteriën van je microbiële gemeenschap die plasmiden nog voorkomen?

Versie 4:

1. What is different in what you analyse between vqPCR and RT-qPCR?
   • Mondelinge bijvragen:
     • How does vqPCR accomplish this?
     • Can you think of an example when you would want to know about dead bacteria?

2. What is aminosilane used for?
   • Mondelinge bijvraag: How does it accomplish this?

3. PFGE: Explain switch time, voltage, voltage angle and buffer temperature.
   • Bijvragen:
     • Is there an upper limit to the voltage?
     • Would you expect the same differentiation of strains on MLST gel vs PFGE gel if you start with the same sample?

4. Why would you use plate counting over flow cytometry?
   • Bijvragen:
     • Can you specifically detect indicator species with flow cytometry?
     • If you take multiple water samples over time and you need to analyse them quickly, which of the two would you use?

5. How do you sequence multiple samples in 2nd generation sequencing?
   • Bijvraag: Hoe worden die indices aan je sample gehangen?

6. Case: There are more than 10 strains of B. cereus, some produce toxin, some do not. You have a plate isolate of potential B. cereus, how would you analyse the food safety of the original product?

Versie 5:

1. Hoe kan je een sequentie achterhalen? How can you figure out what they can do and what they do?

2. Sensitiviteit en specificiteit van PCR op vlak van vals-positieve en vals-negatieve resultaten en positieve/negatieve controles.

3. CLASI-FISH: What does it stand for and what is the difference with FISH?

4. Phylogenetic array: Kan je dit gebruiken om onbekende species te identificeren?

5. What is Immuno-PCR?

6. Case: Een anti-coating zorgt dat bacteriën wegblijven van voedselverpakkingen. Hoe ben je zeker dat dit werkt?

Versie 6:

1. Monoclonal and polyclonal antibodies: What is the difference? What is the effect when using them in ELISA?
2. Give the efficiency of PCR.
3. What are the 4 most important steps of PFGE and explain why they are important?
4. When you do RT-PCR on a fast mutating bacteria, how would you approach this?
5. When doing multiplex PCR, could you use SYBR Green with multiple primers?
6. Case: Factcheckers: How would you examine if there are bacteria growing on your blender/mixer?

Versie 7:

1. Hoe komt het dat de TaqMan-probe pas licht uitzendt wanneer de quencher wordt verwijderd?
   • Bijvraag: Kan je dit ook gebruiken als je meerdere stalen hebt?

2. Bespreek de factoren pulse, voltage, switch time en buffertemperatuur in verband met PFGE.
   • Bijvraag: Wat is CHEF / FIGE?

3. Welke detectiemethoden kunnen gebruikt worden in ELISA en welke is het meest gevoelig?

4. Wat zijn de controles bij functional microarrays?
5. Wat is de LOD bij culturomics? Waarom is dat zo?
   • Bijvraag: Hoe verandert dit als je een sample uit een steak haalt?

6. Case: Factcheckers: Hoe kan je weten of er bacteriën groeien op een mixer?

Versie 1:

1. Leg de verschillen tussen qPCR en dPCR uit.
2. Geef de eigenschappen van primers bij RAPD.
3. Wat is het kleinste verschil dat je kan detecteren met behulp van DGGE en hoe kan je de resolutie verhogen?
4. Definieer detectie, isolatie, confirmatie en identificatie.